En septiembre de 2010 se hizo publica la presencia de clembuterol en una muestra de orina obtenida el 21 de julio de 2010. El clembuterol es una sustancia dopante que no puede ser generada de forma endógena por el organismo humano. Contador fue suspendido de forma provisional por la UCI el 8 de noviembre.
En el primer informe se aportaron datos que hasta entonces solo eran rumores como que Contador no sólo dio positivo el segundo día de competición, sino que lo hizo en otras tres ocasiones más. Contador fue sometido a 8 controles durante el Tour 2010 donde se obtuvieron resultados negativos. El informe indica que para haber dado los resultados tan altos, tenía que haber ingerido carne de ternera altamente contaminada.
Contador apareció inmediatamente ante los medios y atribuyó el dar positivo a una intoxicación alimentaria por comer carne de ganado engordado ilegalmente. Posteriormente, el rotativo L'Équipe informó de que habían sido encontrados restos de plásticos en su orina. Esto indica una posible transfusión sanguínea.
El New York Times publicó un presunto nuevo positivo de Contador en un test anti-dopaje el dia 20 de julio, un día antes de dar positivo en clembuterol. Esta prueba arroja como resultado una presencia elevada de plastificante que se usa en las bolsas de plasma sanguíneo, lo que refuerza la hipótesis de la autotransfusión.
El 14 de octubre, el director de la AMA, dijo que los restos plásticos en la orina no le permitían estar seguro 100% de que fuera una transfusión. El 19 de octubre, el director del Tour de Francia señaló la necesidad de esperar al final de las investiagaciónes afirmando que Contador es "sospechoso, pero no culpable".
Después de las prórrogas, el 6 de febrero de 2012 el TAS le impuso una sanción de dos años y le desposeyó del Tour de Francia 2010 y todos sus resultados porteriores, no pudiendo volver a la competición hasta el 6 de agosto de 2012
